近年來在台灣到處可見益生菌的廣告，強調益生菌改善腸道生態、治療過敏的療效，可說是很夯的健康食品。
什麼是益生菌？
益生菌（Probiotics），最早由Lilly及Stillwell於1965年提出Probiotics衍生自希臘語，意思是"for life"，為生活，表示某一原生動物產生的物質，可促使另一原生動物生長。聯合國糧食局(FAO)與世界衛生組織(WHO)對益生菌(probiotics)定義為：在數量足够時有益宿主健康的活性微生物。益生菌是活的微生物，普遍存在於人類的腸道中，屬於人體的正常菌叢，沒有致病性，能夠抵抗消化系統，與致病菌競爭，改善腸道菌叢的平衡，有益宿主的健康。事實上，我們的皮膚、消化腸胃道、上呼吸道均覆滿了細菌，包括正常菌叢及移生致病菌。
益生菌的種類
並不是每個菌種都有功效。有效的益生菌，應具備有幾項特點。最好來自於人類，無效病性、可以人工處理及培養，抵抗酸性胃液及膽汁，可長期存活於腸道，可以有多種機制對抗致病菌，及不受抗生素影響。在人體試驗當中最常被拿來試驗的包括乳酸桿菌和比菲德氏菌2大類，以及製作優酪過程中必須添加的保加利亞乳桿菌和嗜高溫鏈球菌。
益生菌如何在人體內被吸收？
空腹時，胃中的胃酸呈強酸性，故與其他部位相比，僅有少量細菌能夠存活，即使是乳酸桿菌、鏈球菌、酵母菌等耐酸性菌，在胃液中每公克也僅有一百至一千個。當食物進入時，酸性減弱，菌數在胃液中每公克會增至一萬至一億個，此時除了原有的細菌外，胃中又增加了許多由食物或唾液帶來的細菌。當胃液增加而酸性再增強時，不耐酸菌將會死去。因此，由口中送入胃內的細菌，多數無法再往腸道移動。食物經消化後，移入十二指腸，在移動過程中，因有膽汁等分泌物加入，因此菌數不會再增加。進入十二指腸的細菌主要為乳酸桿菌、鏈球菌等。營養素的吸收主要在小腸內進行，因為有強鹼性的膽汁、胰臟液、小腸壁的分泌液等，經常呈鹼性狀態，是消化及吸收所必要的。進入小腸下部（即接近大腸部位）時，菌數開始急速增加，即使空腹，菌數亦為十二指腸的十至一千倍；主要原因是食物通過時速度變得比較緩慢，且被腸液中和、缺少強酸抑制，因而成為細菌繁殖的溫床。在此同時，小腸上部的乳酸桿菌、鏈球菌以及畸形菌、雙叉乳酸桿菌、真細菌等，亦會繼續增加。即使作用不大的盲腸，其腸內菌數也會增加。所以真正能夠耐胃酸及耐膽鹽才是良好的乳酸菌，因乳酸菌在進入體內後必需能順利到達腸道，並附著在腸道內生長、發揮功能，以維持腸道健康。
什麼人適合吃益生菌？
就益生菌本身而言，幾乎大部分的人都需要補充，特別是30歲以上的成年人、老年人；少運動、壓力大、睡眠不足、日常飲食不正常、不喜歡吃蔬菜的族群，以及痔瘡和大腸憩室患者，或接受過抗生素治療的病患。但痛風患者不適合由豆類醱酵品補充益生菌；需要減重者不適合藉由市售加糖的優酪乳來攝取益生菌。
正確攝取益生菌的方式
1.搭配蔬菜效果加倍：益生菌喜歡高纖的環境。益生菌的食物有纖維、乳糖、澱粉、寡糖，益生菌的醱酵產物等成分；補充益生菌的同時多吃蔬果等益生菌喜歡的食物，就等於在腸子裏布置一個它們喜歡生長的環境。多數的益生菌並不喜歡肉類和葡萄糖，如果含益生菌的食品中含有過多糖分也會降低菌種的活性。在補充益生菌的同時，多吃根莖類蔬菜、水果及海藻，提高體內纖維及寡糖的含量，就等於把腸道布置成好菌的培養基，讓它們有機會「枝繁葉茂」，進而達到改善腸道菌叢的目標。
2.睡前補充好時機：補充益生菌最適當的時機是在睡前。如果睡前3小時不進食，依人體生理時鐘來看，腸胃蠕動在睡前會減緩，胃酸分泌會減少，這個時候補充益生菌，菌種的存活率會比較高；但若睡前吃宵夜，食物進入腸胃道後會促使胃酸分泌、腸道蠕動，一方面益生菌在通過胃酸時數量會減少，另一方面由於腸道蠕動變快，益菌較容易被排出體外，反而不易在腸道裏繁殖。
3.菌種攝取多樣化：在益生菌食品的選擇上，最好能吃到含有活菌的食材，並且多方攝取不同菌種。例如在選擇乳酪時，質地柔軟的乳酪含有較多的活菌。含有活菌的食材或食品都要冷藏保鮮，但也只有活菌才能在腸道裏繁殖；像是硬的陳年乳酪含有較多益生菌的代謝物，這種代謝物也是一種「益菌生」，能成為其他益生菌的食物，幫助益菌生長。多方攝取不同菌種做成的食品，攝取不同菌種的益生菌，才能廣泛獲取益生菌為身體帶來的好處。
4.藥物益生菌勿同時併服：因為益生菌相較於抗藥性致病菌顯得很脆弱，正在做抗生素療法的病患在結束療程後再補充益生菌會比較有效；如果抗生素療程較長，在服藥2小時後再行補充益生菌，益生菌較容易存活。
5.錯開時間補充益生菌：若飲食中含有醋、酒、辛辣調味料或藥物等，容易使益生菌死亡的成分，也最好相隔2小時以上再補充益生菌。倘若吃了香腸、臘肉等含硝酸鹽的加工食品，最好能與益生菌相隔6~8小時，待含硝酸鹽類的食品隨著糞便排出體外後再行補充益生菌會比較安全。
6.適量攝取新菌種：因益生菌的種類繁多，且每個人的體質及腸道條件各有不同，有時在某一個時期吃下某一種益生菌可能會造成腹瀉、便秘，脹氣...等不同的反應，建議大家可以先試吃菌種1週的時間，適量地攝取。如果攝取某一種益生菌1週，發現這個菌種跟自己的腸道不適合，就換另一個菌種，也許過一段時間腸道環境改變就又能重新適應，不必勉強自己接受會造成不舒服的食品。